Đảo Seram được chú ý vì có một mức độ cao các loài chim đặc hữu địa phương.[3] Trong 117 loài chim trên đảo, 14 loài là đặc hữu, bao gồm Eclectus roratus (vẹt Eclectus), Lorius domicella (Lory gáy tía), Cacatua moluccensis (vẹt mào mào hồng cam), Todiramphus lazuli (chim bói cá Lazuli), Todiramphus sanctus (chim bói cá thần), Philemon subcorniculatus và Alisterus amboinensis (vẹt vua Maluku).[4]

Các loài động vật có vú được tìm thấy trên đảo Seram bao gồm các loài châu Á (Murid rodents) cũng như các loài thú có túi Australasia. Các vùng núi của Seram che chở cho một số lượng lớn nhất các loài động vật có vú đặc hữu trong số các đảo trong khu vực. Nó là nơi nuôi dưỡng 38 loài động vậy có vú và bao gồm 9 loài đặc hữu hoặc gần đặc hữu, một số trong đó bị giới hạn môi trường sống trên núi. Chúng bao gồm Rhynchomeles prattorum (chuột gộc Seram), Pteropus chrysoproctus (cáo bay Maluku), Pteropus ocularis (rơi quả Seram), Melomys fraterculus (thỏ đuôi khảm), Rattus feliceus (thỏ Seram có gai) và Nesoromys ceramicus (thỏ Seram), tất cả chúng đều được xem là bị đe dọa.[5]

Cá sấu cửa sông tồn tại trên một số con sông của đảo, bao gồm sông Salawai.

Ở phần phía đông của đảo, vườn quốc gia Manusela đã được thành lập vào năm 1997, chiếm một diện tích 1.890 km² (11% diện tích đảo).[4]